Layanan bimbingan dan konseling merupakan proses pemberian bantuan yang diberikan kepada para siswa dalam rangka upaya menemukan pribadi, mengenal lingkungan, dan merencanakan masa depan. Bimbingan dalam rangka menemukan pribadi dimaksudkan agar siswi mengenal kekuatan dan kelemahan dirinya sendiri sehingga mampu memahami dirinya secara positif. Bimbingan dalam rangka mengenal lingkungan, dimaksudkan agar siswi mengenal secara obyektif lingkungannya, baik lingkungan sosial maupun lingkungan fisik, sebagai modal untuk penyesuaian diri dengan lingkungan dimana individu itu berada. Bimbingan dalam rangka merencanakan masa depan, dimaksudkan agar siswi mampu mempertimbangakan dan mengambil keputusan tentang masa depannya sendiri, baik yang menyangkut bidang pendidikan, bidang karir, maupun bidang budaya, keluarga dan masyarakat.
Berbicara tentang bimbingan konseling di Madrasah Mu'allimaat Muhammadiyah Yogyakarta secara konsep tidak jauh beda dari apa yang sudah menjadi acuan dari ABKIN(Asosiasi bimbingan konseling indonesia). Dalam bidang bimbingan terdapat empat bimbingan yaitu bimbingan pribadi, bimbingan belajar, bimbingan sosial, bimbingan karir serta bimbingan akhlak (budi pekerti) yang mana bertujuan untuk membantu siswinya dalam brakhlakul karimah.
Madrasah Mu'allimaat Muhammadiyah merupakan lembaga pendidikan yang menerapkan sistem asrama atau Boarding School bagi para siswi baik dari dalam kota maupun luar kota, sehingga secara tidak langsung ruang lingkup guru BK tidak sebatas menangani permasalahan atau pembinaan yang ada dimadrasah akan tetapi permasalahan asramapun menjadi bidang garapnya, meski dalam aplikasinya berkoordinasi dengan pihak-pihak yang ada dalam lingkup asrama dalam hal ini adalah pamong dan musyrifah.
Selain bimbingan klasikal dan bimbingan kelompok atau konseling individu , ada berbagai program yang sudah mencoba kami kembangkan diantaranya program peer counseling atau konseling sebaya, yang bertujuan untuk mencetak kader-kader "konselor" yang mampu menjadi pendengar baik bagi teman-temannya, yang harapanya mampu menjebatani Guru BK dalam melakukan pendampingan atau pembinaan dengan para siswinya. Selain itu masih banyak lagi program atau kegiatan-kegiatan lain yang pastinya menarik untuk perkembangan pribadi remaja.
Guru BK Madrasah Mu'allimaat Muh saat ini terdiri dari 7 orang, yaitu
1. Atun Priyati, S.Pd sebagai Koordinator BK
2. Amin Hasanah, S.Pd sebagai Guru BK Kelas VII
3. Dian Malahayati, S.Psi sebagai Guru BK Kelas VII
4. Dwi Susilawati, S.Pd sebagai Guru BK Kelas IX
5. Sri Kurniati, S.Psi sebagai Guru BK Kelas X
6. Betty Herma Yuwati, S.Pd sebagai Guru BK Kelas XI
7. Herlina Lusy Annawty, S.Pd sebagai Guru BK Kelas XII
Masing-masing guru tersebut mengampu satu tingkat kelas dan satu guru BK sebagai koordinator. Kami hadir dalam rangka untuk menjalin silaturahim dengan semua pihak yang ingin mengenal lebih dekat tentang Bimbingan dan konseling Madrasah Mu'allimaat Muhammadiyah Yogyakarta.
